1. La población de Cantabria y sus factores de evolución, 1500-1850, con cargo al convenio Universidad de Cantabria-Caja de Ahorros de Cantabria, 1985-1988. José Ignacio FORTEA y Ramón LANZA.
2. La agricultura de Cantabria en el Antiguo Régimen. Los factores productivos en el proceso de especialización regional, 1500-1850, con cargo al Convenio Universidad de Cantabria-Caja de Ahorros de Santander y Cantabria, 1988-1989. José Ignacio FORTEA y Ramón LANZA.
3. La proyección del Nuevo Mundo en el Viejo: el indiano en la sociedad cántabra durante los siglos XVI al XIX, con cargo al convenio Universidad de Cantabria-Caja de Ahorros de Santander y Cantabria, 1987-88. José Ignacio FORTEA y Tomás MANTECÓN.
4. Fiscalidad y administración fiscal en la Corona de Castilla (1450-1664). Proyecto de Investigación PS88-089 financiado por el Ministerio de Educación y Ciencia. Dirección General de Investigación Científica y Técnica. Duración del Proyecto: Años 1989-1992. José Ignacio FORTEA (IP).
5. Economic Systems and State Finance. Proyecto financiado por la European Science Foundation bajo la dirección de Richard BONNEY ( Leicester University, U.K.) en el que colaboró Juan E. GELABERT, Duración del proyecto: 1990-1993.
6. Conflictividad y disciplinamiento social. Cantabria, siglos XVII-XVIII, con cargo al convenio Universidad de Cantabria-Caja de Ahorros de Cantabria. Duración del Proyecto: Años 1992-1993. José Ignacio FORTEA y Tomás MANTECÓN.
7. Oligarquías urbanas y relaciones de poder en las villas de Guipúzcoa en el siglo XVI, con cargo al Departamento de Cultura del Gobierno Vasco. Año 1992-1994 José Ignacio FORTEA y Susana TRUCHUELO.
8. Las ferrerías de Cantabria en el Antiguo Régimen: un modelo de industrialización fracasado, con cargo al convenio Universidad de Cantabria-Caja de Ahorros de Cantabria. Año 1994-95. José Ignacio FORTEA y Carmela CEBALLOS.
9. Justicia y cultura popular en la Europa Preindustrial. Desarrollado por Tomás A. MANTECÓN en Cambridge bajo la dirección de Peter Burke y financiado por la Dirección general de Investigación Científica y Técnica. Subdirección General de Formación y Perfeccionamiento de Personal Investigador. Programa de Becas de Formación de Personal Investigador en el Extranjero. Años 1995 y 1996.
10. Instituciones y elites de poder en la Monarquía Hispana durante la Edad Moderna. Proyecto financiado por la D.G.C.Y.T. del Ministerio de Educación y Ciencia. Duración del Proyecto: 1994-1996. MARTÍNEZ MILLÁN (Universidad Autónoma de Madrid), IP, con la colaboración de Roberto LÓPEZ VELA.
11. Análisis de los principales rasgos políticos de la villa de Andoain en el seiscientos.Proyecto financiado por el Ayuntamiento de Andoaín. Duración del proyecto: 1995. Susana TRUCHUELO GARCÍA (IP).
12. Sociedad y gobierno urbano en la Corona de Castilla en el Antiguo Régimen (1500-1750), Proyecto PB94-1055 financiado por el Ministerio de Educación y Ciencia. Dirección General de Investigación Científica y Técnica. Duración del proyecto: Años 1995-1998. José Ignacio FORTEA (IP). Otros investigadores: Juan E. GELABERT, Ramón MARURI, Tomás A. MANTECÓN, Jesús MAISO. Presupuesto: 38.416,69 euros.
13. La representación de las corporaciones locales guipuzcoanas en el entramado político provincial.Proyecto financiado por la Diputación Foral de Guipúzcoa. Duración del poryecto: 1995-1996. Susana TRUCHUELO GARCÍA (IP).
14. Reglamentación política de las villas guipuzcoanas en la alta edad moderna: las ordenanzas concejiles de Rentería, Tolosa, Hondarribia y Orio. Proyecto financiado por Eusko Ikaskuntza/ Sociedad de Estudios Vascos. Duración del proyecto: 1996. Susana TRUCHUELO GARCÍA (IP).
15. Tolosa eta Gipuzkoako diputazioa: oligarkia baten eraketa eta finkapena (xvi-xvii.mendeak) = Tolosa y la Diputación de Gipuzkoa: el nacimiento y consolidación de una oligarquía (ss. XVI-XVII).Proyecto financiado por el Ayuntamiento de Segura (Guipúzcoa). Años 1997. Marta TRUCHUELO GARCÍA (IP) y Susana TRUCHUELO GARCÍA.
16. Social Control in Europe, 1500-2000. Proyecto de Investigación financiado por la Fundación WolKswagen e Instituto Posthumus. Investigadores principales: Heinz Schillling (Berlín), Pieter Spierenburg (Rótterdam), Herman Roodenburg (Ámsterdam) y Bernd Roeck (Bonn). Participa Tomás A. MANTECÓN como investigador dentro del equipo internacional de invetigación. Duración del proyecto: 1997-2000.
17. La violencia verbal y los delitos de injurias en la Cantabria del Antiguo Régimen, con cargo al convenio Universidad de Cantabria-Caja de Ahorros de Cantabria, Año 1998. José Ignacio FORTEA, Tomás A. MANTECON y J. GONZÁLEZ DE LAS HERRANES.
18. Orden y conflicto en las ciudades de la Corona de Castilla, siglos XVI-XVIII Proyecto PB98-1097 financiado por el Ministerio de Educación y Ciencia. Dirección General de Investigación Científica y Técnica. Duración del proyecto: Años 1999-2002. Juan E. GELABERT (IP). Otros investigadores: José I. FORTEA, Roberto LÓPEZ, Jesús MAISO, Ramón MARURI, Tomás A. MANTECÓN. Presupueto: 6.612 euros.
19. Acción especial España en tiempos del Quijote, ref. BHA 2002-11322-E (resolución de 31 de mayo de 2002), Ministerio de Ciencia y Tecnología, dirigida por Juan E. GELABERT.
20. Réseau Thématique sur la Domesticité desarrollado dentro del Programa Marco financiado por la Comisión Europea, bajo la dirección de Rafaella SARTI, en el que ha participado Tomás MANTECÓN. Año 2003.
21. Violence in History. Long term trends and the role of war. Financiado por el N.W. Postumus Institut (Ámsterdam) y Soma/Ceges (Bruselas). Pieter Spierenburg (Rotterdam) (IP) y otros cuarenta profesores europeos y americanos, entre ellos: Tomás A. MANTECÓN Duración: 2002-2005.
22. Ciudades en conflicto. Las corporaciones urbanas de la Corona de Castilla, entre la inestabilidad y el orden (siglos XVI-XVIII). Proyecto BHA 2003-08918 financiado por el Ministerio de Educación, Ciencia y Cultura. Duración del proyecto 2003-2006. José Ignacio FORTEA (IP). Otros investigadores: Juan E. GELABERT, Roberto LÓPEZ VELA, Ramón MARURI, Tomás A. MANTECÓN, Marina TORRES ARCE, Beatriz LÓPEZ, Sara GONZÁLEZ, Susana TRUCHUELO y Blanca LLANES. Presupuesto: 51.180 euros.
23. Historia y Arte del Mundo Moderno. Proyecto de Infraestructura Científica para la adquisición de equipamiento científico-tecnológico Documentación y patrimonio cultural: Fecha de ejecución: Año 2004. Director del proyecto José Ignacio FORTEA.
24. De la lucha de bandos a la hidalguía universal: transformaciones sociales, políticas e ideológicas en el país vasco (siglos XIV y XV) Proyecto financiado por el Ministerio de Educación y Ciencia. Ref. Proyecto HUM2004-01444/HIST. Duración del Proyecto 2004-2007. José R. DÍAZ DE DURANA (IP), con la colaboración de Susana TRUCHUELO GARCÍA.
25. La organización política del País Vasco en la Alta Edad Moderna. Proyecto financiado por el Gobierno Vasco. Beca Postdoctoral: Duración del proyecto: 2005-2006. Susana TRUCHUELO GARCÍA (IP).
26. Laboratorio de Gestión Digital del Patrimonio Documental, Histórico y Artístico. Proyecto de Infraestructura Científica de la Comunidad Autónoma de Cantabria Ref. UCAN05-23-010. Fecha de ejecución: Años 2005-2006. Director del Proyecto: José Ignacio FORTEA.
27. Cambios y resistencias. Política monárquica y sociedad urbana en Castilla (1500-1800). Proyecto HUM2006-08739 financiado por el Ministerio de Educación, Ciencia y Cultura. Duración del proyecto 2006-2009. Juan E. GELABERT (IP). Otros investigadores: José I. FORTEA, Roberto LÓPEZ, Tomás A. MANTECÓN, Beatriz LÓPEZ, Blanca LLANES, Sara GONZÁLEZ, Marina TORRES, Julia BENITO DE LA GALA. Presupuesto: 55.660 Euros.
28. The Evolution of Cooperation and Trade. Proyecto de investigación financiado por The European Science Foundation bajo la dirección de John B. Owen (University of USA), en el que participa Juan E. GELABERT. Duración del proyecto: 2007-2009.