La presencia del CSIC en la en la UC se ha materializado desde hace varios años a través del Instituto de Física de Cantabria (IFCA),  y  en el área de Biología y Biomedicina, de dos Unidades Asociadas al Centro de Investigaciones Biológicas  y al Instituto de  Investigaciones Biomédicas, respectivamente. A partir de este núcleo inicial, la propuesta de creación del IBBTEC nace, aunque entonces con otro nombre,  a finales de 2004 por iniciativa de un grupo de investigadores de la Facultad de Medicina de la Universidad. Dicha propuesta, acogida favorablemente por el equipo de gobierno de la Universidad, se materializa en la creación de una Comisión de trabajo que redacta una “Memoria justificativa para la propuesta de creación del centro mixto Universidad de Cantabria-CSIC Instituto de Biotecnología y Señalización Celular de Cantabria”. Tras su evaluación favorable por la Agencia Nacional de Evaluación y Prospectiva y la aprobación por parte de la Junta de Gobierno de la UC, en mayo de 2006 se presenta al CSIC una versión ampliada de la citada Memoria, en la que se contempla ya la posible participación del Gobierno de Cantabria. Una vez obtenido el Visto Bueno del CSIC, a la vez que se establece un proceso negociador entre las dos Instituciones y el Gobierno Regional para determinar las condiciones de creación y participación en el IBBTEC, se realiza una convocatoria abierta para la incorporación de investigadores del CSIC y de la Universidad de Cantabria al nuevo Instituto. Esta convocatoria es evaluada y resuelta por  una Comisión internacional de seis científicos, que, en marzo de 2007, selecciona  los 11 grupos de investigación  que inicialmente forman parte del IBBTEC

           El proceso culmina con la publicación en el Boletín Oficial de Cantabria,  el 13 de abril del 2007, del decreto por el que se crea en la Universidad de Cantabria un Instituto Universitario, finalmente denominado Instituto de Biomedicina y Biotecnología de Cantabria (IBBTEC), y con la posterior firma,  el 17 de abril, del convenio de creación por parte de las tres instituciones participantes, Universidad de Cantabria, CSIC e IDICAN (Sociedad Pública de I+D+i del Gobierno de Cantabria)

           Con el nombramiento de la Comisión Gestora del Instituto y la celebración de una Jornada de presentación de los investigadores del IBBTEC, el 30 de mayo de 2007 comienza la actividad oficial del Instituto

           Dentro del proceso de elaboración de los planes Estratégicos del CSIC, el IBBTEC presenta el suyo en octubre del 2008. Tras el correspondiente proceso de análisis y valoración, dicho Plan estratégico es aprobado en la primavera del 2009.

          En verano de 2013 se abrió el nuevo centro en el PCTCAN, con 6000 m2 distribuidos en cinco plantas.  En la actualidad, hay 13 grupos de investigación trabajando en el IBBTEC, repartidos en dos Departamentos.