Hasta la aprobación definitiva de su Reglamento de Régimen Interno, el IBBTEC está dirigido por una Comisión Gestora compuesta por Javier León Serrano (Director en funciones), Piero Crespo Baraja, Fernando de la Cruz Calahorra, Angel Pazos Carro, Matxalen Llosa Blas, M. Ã�ngeles Ros Lasierra y Jesús Sainz Maza.

La Gerente del IBBTEC es Maria Rosario Valle González (CSIC).

Carmen Palazuelos Corro es la responsable administrativa del Instituto por parte de la Universidad de Cantabria.