En el año 1978, la Escuela Técnica Superior de Ingenieros de Caminos, Canales y Puertos encomendó a dos de su profesores el estudio de la posible creación de una Fundación para promover la investigación en la misma. En el mismo año, la Junta de la Escuela aprobó la creación de la Fundación y sus Estatutos y el año siguiente se aprobaron éstos por la Junta de Gobierno de la Universidad, iniciándose a continuación la captación de socios fundadores.

Entre los años 1980 y 1981 se aprobaron los Estatutos y Carta Fundacional de la Fundación por la Junta de Fundadores, y al año siguiente se reconoce y clasifica la Fundación por el Ministerio de Educación y Ciencia, y se inscribe en el Registro Mercantil, publicándose en el B.O.E. de 18 de diciembre la orden de reconocimiento.

En el año 1998 se modifican los estatutos y se incluyen entre sus objetivos el fomento y la promoción de la investigación en la Universidad de Cantabria y la formación de profesionales en las áreas científica y tecnológica, modificándose la composición del patronato, que pasa a ser presidido por el Rector de la Universidad de Cantabria.

Desde sus inicios, en marzo de 1981, han ocupado el cargo de Director Gerente las siguientes personas:

• Don Ángel Uriarte González, 1981-1982 (con carácter provisional)
• Don Miguel Ángel Serna Oliveira, 1983-1984
• Don Miguel Ángel Losada Rodríguez, 1985-Agosto 1988
• Don César Sagaseta Millán, Septiembre 1988-Abril 1998
• Don Juan José Jordá Catalá, Diciembre 1998-Mayo 2001
• Don Federico Gutiérrez-Solana Salcedo, Mayo 2001-Junio 2002
• Don Jorge Medina López, Junio 2002-Julio 2008
• Don Sergio Cicero González, Julio 2008-Junio 2013
• Don José María Asón Toca, Junio 2013 hasta la actualidad.