El Departamento de Geografía, Urbanismo y Ordenación del Territorio impulsó la creación del Centro de Estudios Rurales de Cantabria, dentro de sus acciones para promover la investigación sobre los espacios rurales.

El proyecto se materializó el 14 de octubre de 1987 con la firma del convenio entre el Ayuntamiento y la Universidad. La idea de localizar el Centro fuera del Campus, en contacto con la realidad social y territorial objeto de estudio, fue acogida con gran interés por el Ayuntamiento de Cabezón de la Sal, que hizo posible contar con un espacio inmejorable.

Desde entonces, el CERC se ha ido consolidando como un centro polivalente de investigación, documentación, docencia y divulgación. Sus actividades se han ido adecuando a la propia evolución de los espacios rurales y a las cuestiones demandadas por la sociedad, siempre con un carácter interdisciplinar, que ha propiciado la colaboración con científicos y profesionales procedentes de diferentes ámbitos y con el conjunto de los agentes sociales, dando así al Centro ese carácter de lugar de encuentro, que es uno de los rasgos que mejor lo caracterizan.